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Mar
07

Studiare la genetica con linux. Programmi e possibilita’ d’uso del pinguino per la nuova scienza

Non tutti quelli che vedono C.S.I. sanno cos’e’ una pcr … ma tutti parlano di DNA … pure i giornalisti sportivi (non e’ forse comune la frase: ha sbagliato il gol .. non e’ nel suo DNA !!…. LOL )

A me fanno schiattare dalle risate, consapevole come sono della mia ignoranza, che tanto candidamente ammetto al pari di coloro che ci studiano sopra con menti ben piu’ eccelse delle mie.

Se ci fate caso nei film si vedono per il confronto del DNA programmi che in automatico confrontano delle lineette (oppure due eliche che si sovrappongono con tanto di MATCHING 99%) niente di piu’ falso ! (o almeno che io sappia tale programma non c’e’ in italia, in europa e negli USA … )

Si tratta sempre di un lavoro, a mio parere, ripetitivo che ha solo nel risultato il divertimento (soprattutto quando si fa ricerca pura).

Talvolta l’analisi dei campioni genetici avviene con tecniche di confronto immagini (photoshop per chi ci e’ fissato, oppure c’e’ il mitico gimp !)

Certo e’ che l’analisi genetica è fondata sulla statistica matematica, ed e’ qui che esce fuori il nostro pinguino !

Se e’ vero che programmi come spss non ci sono (almeno a mio avviso), ci sono altri davvero utili e funzionali che invito a provare:

GenoPix_2D_Plotter (sembra quasi ascii art ed ha delle limitazioni, ma per chi sta iniziando a comprende la genetica puo’ far capire diverse cosette);

SIBsim4 (no … non e’ sim-sala-bin … ma questo mitico programma vi permette di allineare RNA con DNA per introni (ho detto introni non rintronati!), utile a chi studia proteomica e non solo;

Mauve (veramente eccezionale, con binari per molte piattaforme, windows e osx compresi- permette di fare allineamenti multipli, inoltre assomiglia un po’ a quelli che si vedono nei film …. vabe’ non ci sono gli effetti 3d … ma cacchio usate l’immaginazione!😉 )

PerlPrimer questo si che e’ da ricercatore! 😉 permette la ricercare dei primers con complessi algoritmi

Fasta2SVg vi permette di convertire i file fasta ( formato standard in cui si sequenza il DNA, proteine, etc.) … qui potete trovare i riferimenti per scaricarvi le immagini in svg (formato vettoriale) ed usare programmi per la modifica come sodipodi!

Se poi vi volete divertire a scoprire la genetica … potete dare un’occhiata qui

e per vedere il genoma umano, o del ratto, o del gatto … qui (basta avere installato java nel browser) si chiama Vista … ma non vi preoccupate … non ci sono schermate blu! :p


8 Responses to “Studiare la genetica con linux. Programmi e possibilita’ d’uso del pinguino per la nuova scienza”


  1. 2007 marzo 17 alle 12:46 pm

    @kijio
    az ..apriamo un’ angezia di investigazione?!

    PS: Sei il primo fra i blog in crescita

  2. 2007 marzo 17 alle 12:59 pm

    si ma il Vs. blog rimane sempre fra i primi 2 … cazz … incominciate a parlare male di qualcuno … altimenti in testa stabili non ci arrivete mai! LOL

  3. 4 Daniele Medri
    2007 marzo 20 alle 8:40 pm

    http://www.bioconductor.org/ …a lei signor Kijio😉

  4. 2007 marzo 28 alle 8:31 am

    @ Daniele Medri
    grazie😉
    accipicchiolina .. fa l’analisi dei microarray … azz
    da provare subito !😛
    come ho fatto a non vederlo prima? Bo!

  5. 6 Daniele Medri
    2007 marzo 28 alle 9:35 am

    Fammi sapere come evolve la cosa, se lo usi, se sviluppi su R, ecc.

  6. 2007 marzo 29 alle 8:01 am

    eh magari .. e’ una vita che non lo faccio .. come entro in laboratorio mi viene la voglia di prendere in mano la prima micropipetta che incontro e girargli la ghiera di taratura … poi la gente dentro mi guarda male (le micropipette come sai .. sono personali ed intoccabili … ) e la sfioro soltanto con un sospiro .. LOL. Mentre sul lato software ci guardo ogni tanto .. ma sono arrugginito pure li .. oramai faccio tutt’altro.😛
    Comunque sono rimasto appassionato, se trovi del materiale a riguardo pastamelo pure !

  7. 8 unnomeacaso
    2011 aprile 4 alle 11:39 am

    Interessante, devo proprio sbatterci la testa in queste cose e i riferimenti mi saranno molto utili.


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